Cytogenetyka
|
Dział genetyki, zajmujący się badaniem chromosomów Kształt, liczba, dziedziczenie
|
Kontinuum zmienności genetycznej
|
Zmienność pojedynczej pary zasad Mutacje punktowe/ SNPs
|
|
Niewielkie insercje/delecje - Mikrosatelity/ minisatelity
- Copy Number Variation
|
|
Ruchome elementy Retrotranspozony (300bp-10kb)
|
|
Zmienność liczby kopii o dużej skali (>10 kb) - Delecje/ amplifikacje dużej skali
- Duplikacje segmentowe
|
|
Lokalne przekształcenia |
|
Zmienność chromosomalna Translokacje, insercje itp.
|
Mutacje genowe (punktowe)
|
Mutacja w genie, polegająca na zmianie pojedynczego nukleotydu Może powstać w wyniku substytucji, delecji lub insercji pojedynczego nukleotydu [Wikipedia]
|
|
Polimorfizm genetyczny Występowanie w populacji dwóch lub więcej form danego genu- alleli z częstością większą niż oczekiwana, wynikającą z ogólnej częstości mutacji w danej populacji
|
|
Polimorfizm występuje, gdy najrzadszy wariant alleliczny w danym locus występuje z częstością większą niż 1%
|
|
Polimorfizm jest efektem zmian sekwencji DNA, tak jak mutacja
|
SNP
|
Single Nucleotide Polymorphism Polimorfizm pojedynczego nukleotydu
|
Markery powtórzonej sekwencji
|
Mikrosatelity (STR) Sekwencje zawierające 10-50 powtórzeń motywu o długości 1-6 par zasad
|
|
Minisatelity (VNTR) Sekwencje zawierające do kilkudziesięciu powtórzeń motywu o długości 9-80 par zasad
|
Copy Number Variation
Amplifikacje lub delecje, o wielkości 1 kpz lub większej, w różnych częściach genomu |
Zmienność dotyczy różnych genów |
Każdy posiada CNV, z częstością poniżej 20% |
Różnimy się bardziej pod względem CNV niż SNP |
Mutacje a polimorfizmy
Penetracja- częstość występowania określonej cechy w populacji nosicieli zmutowanego genu
Badania asocjacyjne
|
Asocjacja (powiązanie) Współwystępowanie allelu umiejscowionego w konkretnym locus z badaną cechą powyżej poziomu oczekiwanego jako przypadkowy
|
|
Badania asocjacyjne prowadzone są na poziomie populacyjnym lub prze zastosowaniu schematów rodzinnych |
Schematy badań epidemiologicznych
RCT- Randomizowane kontrolowane badania kliniczne
Badania epidemiologiczne
|
Kliniczno- kontrolne - Wybranie odpowiedniej grupy przypadków o określonym statusie choroby
- Podział puli badanych na chorujących i grupę kontrolną
- Ustalenie potencjalnych ekspozycji, które mogły wystąpić w przeszłości populacji [Wikipedia]
- OR (Odds ratio)- Iloraz szans
|
|
Przekrojowe - Osoby o różnych genotypach porównywane pod względem wyników osiąganych na różnych wymiarach zachowania
|
|
Badanie genów kandydujących - Do analiz wybierane są geny mające prawdopodobny związek z badaną cechą
- Związek oparty na danych fizjologicznych, biochemicznych, farmakologicznych
- Np. dopaminergiczna teoria schizofrenii Carlssona, zakładająca dysregulację (nadaktywność) przekaźnictwa dopaminergicznego
-- Pacjenci ze schizofrenią charakteryzują się zwiększoną podatnością na psychozomimetyczne działanie niektórych substancji powodujących zwiększone uwalnianie dopaminy
|
Badania epidemiologiczne
|
Kliniczno- kontrolne - Wybranie odpowiedniej grupy przypadków o określonym statusie choroby
- Podział puli badanych na chorujących i grupę kontrolną
- Ustalenie potencjalnych ekspozycji, które mogły wystąpić w przeszłości populacji [Wikipedia]
- OR (Odds ratio)- Iloraz szans
|
|
Przekrojowe - Osoby o różnych genotypach porównywane pod względem wyników osiąganych na różnych wymiarach zachowania
|
|
Badanie genów kandydujących - Do analiz wybierane są geny mające prawdopodobny związek z badaną cechą
- Związek oparty na danych fizjologicznych, biochemicznych, farmakologicznych
- Np. dopaminergiczna teoria schizofrenii Carlssona, zakładająca dysregulację (nadaktywność) przekaźnictwa dopaminergicznego
-- Pacjenci ze schizofrenią charakteryzują się zwiększoną podatnością na psychozomimetyczne działanie niektórych substancji powodujących zwiększone uwalnianie dopaminy
|
|
|
Zespół delecji 22q11
|
Objawy: Zespół DiGeorge'a (zespół podniebienno-sercowo-twarzowy):
- Wady serca, podniebienia
- Niedobór odporności
- Trudności w uczeniu się
|
|
Shizofrenia 25% dorosłych z delecją 22q11 ma objawy schizofrenii (Murphy i in., 2000)
|
|
Kandydujące geny: - COMT
- PRODH
-ZDHHC8
-ARVCF
|
COMT
Katecholo-O-metylotransferaza |
Meta-analizy wskazują na związek zmienności COMT ze schizofrenią |
GWAS
|
Genome-wide association studies Całościowe genomowe badanie asocjacyjne
|
|
Badanie powiązań z SNPs (do 2 mln jednocześnie) Wybór specyficznych SNPs (MAF > 5%; brak LD)
|
|
Wykonywane z użyciem mikromacierzy 1. Wytworzenie mikromacierzy- naniesienie na płytkę gotowych/zsyntetyzowanych in situ sond długości 25-70 nukleotydów
2. Analiza ilościowa
|
|
Wykres Manhatan Często używany do wizualizacji GWAS
|
|
Ganna i in., 2019 - Badanie na 477 tys. uczestników - Zlokalizowanie 5 loci, znacząco związanych z zachowaniami seksualnymi z osobami tej samej płci - DOI: 10.1126/science.aat7693 |
Polygenic risk score (PRS)
|
Poligenowy wskaźnik ryzyka Używany do określenia stopnia ryzyka genetycznego w predykcji wystąpienia danej cechy (zaburzenia)
|
|
Liczba wariantów ryzyka, związanych z daną cechą, występujących u osoby z badanej próby, przy uwzględnieniu wag dla wielkości efektów związków tych alleli z cechą w próbie pierwotnej |
|
np. PRS dla uzależnienia od alkoholu a czas wystąpienia pierwszych objawów Wyższy wynik od mediany- szybszy spadek prawdopodobieństwa uniknięcia objawów
|
|
Created By
Metadata
Comments
No comments yet. Add yours below!
Add a Comment
Related Cheat Sheets
More Cheat Sheets by KontoDoNauki